Gemeinsam mit seinem Bruder Gert übernahm Günter Bauknecht nach dem Tod von Gottlob Bauknecht die Geschäftsleitung des Familienunternehmens. 1963 wurde er Geschäftsführer der G. Bauknecht GmbH in Stuttgart und Mitgesellschafter der Gottlob Bauknecht Elektromotorenbau oHG. Zudem war er lange als Vorstand der Gottlob Bauknecht Stiftung, der Günter Bauknecht Stiftung und der Gert Bauknecht Stiftung sowie als Kurator der G. Bauknecht Stiftung in Vaduz tätig.
Seit 1991 ist Bauknecht Teil der Whirlpool Corporation.